Cronologia

1946- Edgar Hover apre il primo caso dedicato a fenomeni inspiegabili. Questi casi vengono classificati sotto la lettera U, ma poi vengono trasferiti nello schedario X e nominati X-Files.
Luglio 1947-  un UFO precipita a Roswell. Le autorità dichiarano che si è trattato di un pallone sonda, ma in realtà scienziati di nazionalità tedesca e giapponese, rifugiatisi in America dopo la guerra, studiano la tecnologia e le entità biologiche aliene in esso contenute. Il Concilio risolutivo per la sicurezza 1013 stabilisce che ogni forma aliena rinvenuta sulla terra deve essere sterminata.
3 ottobre 1961-  nasce Fox William Mulder da Bill e Teena Mulder.
3 febbraio 1964-  nasce Dana Katherine Scully, da William e Margaret Scully.
3 ottobre 1973- nasce il Consorzio. Appreso che gli alieni stanno progettando di invadere la terra e di sterminare la razza umana il Consorzio si forma per collaborare con gli alieni colonizzatori nello sviluppo di una razza ibrida umano-aliena immune al virus alieno (cancro nero). Bill Mulder, un ex-ufficiale militare, è l'unico a opporsi all'interno del Consorzio. Per aiutare il progetto ogni membro del Consorzio è costretto a consegnare agli alieni un suo figlio. Bill Mulder propone l'idea di usare il DNA alieno per creare un vaccino.
7 novembre1973- Samantha viene rapita. La sorella di Mulder scompare misteriosamente.
1986- Mulder entra a far parte dell'FBI. Dopo essersi laureato in psicologia all'università di Oxford, Fox Mulder porta a termine le sue 15 settimane di addestramento all'Accademia dell'FBI di Quantico.
1989 - Sottoponendosi a ipnosi regressiva Mulder si convince del fatto che sia stata rapita dagli alieni.
1990- Scully entra a far parte dell'FBI dopo essersi laureata in medicina.
1991-  Mulder viene assegnato agli X-Files. A Mulder viene data la possibilità di lavorare in questa sezione, lui accetta e si mette immediatamente ad indagare sul caso della scomparsa di sua sorella. La sua partner è Diana Fowley.
Marzo 1992- Scully viena assegnata agli XF per controbattere con la sua scetticità scientifica le forti credenze di Mulder. Non sa che il Consorzio l'ha posta lì per screditare il lavoro di Mulder.
Febbraio 1994- Gola Profonda rivela i suoi intenti. Mulder e Scully indagano su un UFO abbattuto solo per venir fuorviati dall'informatore; essendo uno dei tre uomini che hanno ucciso un alieno, Gola Profonda sente il rimorso per le sue azioni e dice a Mulder che lo sta aiutando per far sì che un giorno la verità venga rivelata.
1994- Non fidarti di nessuno. Dopo essere incappati in un laboratorio dove vengono creati ibridi umano-alieni Mulder viene rapito. Grazie all'aiuto di Gola Profonda Scully entra in possesso di un feto alieno da scambiare con Mulder. Gola Profonda resta ucciso durante lo scambio e le sue ultime parole sono "non fidatevi di nessuno". L'FBI chiude gli X-Files.
Estate 1994- Duane Barry rapiosce Scully. Un ex agente dell'FBI, rapito più volte dagli alieni, rapisce Scully e la offre in cambio della sua salvezza. L'AD Skinner riapre gli X-Files e permette a Mulder di ritovarla.
29 novembre 1994- Scully riappare misteriosamente in uno stato comatoso. CSM, un membro del sindacato e un vecchio socio di Bill Mulder, dice a Mulder che Scully è stata riportata indietro perché lui l'apprezza.
Febbraio 1995- Samantha riappare. Una Sam cresciuta si presenta a casa di Mulder, dice di essere stata cresciuta da una famiglia di alieni. Chiede aiuto a Mulder per salvare la sua famiglia adottiva da un Cacciatore di Taglie. Dopo uno scontro il Cacciatore di Taglie viene colpito da un colpo di arma da fuoco alla base del collo e cade da un ponte in un fiume portando con sé Samantha. Un Mulder disperato viene condotto in una clinica per aborti pullulante di cloni di Samantha dove il Cacciatore di Taglie si fa vivo di nuovo dando fuoco a tutto. Mr. X rivela che la donna che lui pensava essere sua sorella era in realtà un clone. La vera Samantha è ancora tenuta nascosta.
Aprile 1995- Il padre di Mulder viene ucciso. Bill Mulder, pentito della sua partecipazione agli atti criminosi del Consorzio è pronto a confessare Tutto al figlio, ma viene ucciso da Alex Krycek mandato dal Consorzio.
Autunno 1995- Scully scopre d avere un microchip impiantato alla base del collo e lo fa rimuovere.
Autunno 1995- Mulder chiede spiegazioni alla madre sul rapimento di sua sorella. Vuole sapere se il padre le ha mai chiesto di scegliere fra lui e Sam. Lei gli risponde che non avrebbe mai potuto scegliere e che ha odiato suo marito per quanto ha fatto. Dai file in una miniera sotterranea emerge che sarebbe stato Mulder il bambino da rapire e non Samantha.
Autunno 1995-  Melissa Scully viene uccisa. Scambiata per sua sorella, riceve un colpo di arma da fuoco fuori dell'appartamento di Dana.
Novembre 1995- Test medici sulle vittime di rapimenti. Scienziati giapponesi svolgono un'autopsia sul corpo di un alieno, Mulder assiste alla registrazione dell'autopsia e scopre che si svolge in un vagone ferroviario. Scully crede di riconoscere in quel vagone il luogo in cui è stata sottoposta ai test durante il suo rapimento. Durante le indagini Scully conosce un gruppo di donne che dicono di essere vittime di rapimenti e di star morire di cancro.
1996- I cloni di Samantha. Versioni multiple di un uomo chiamato Jeremiah Smith vengono scoperte a catalogare files sulle vaccinazioni contro il vaiolo. Smith accompagna Mulder ad una fattoria dove vengono allevate api assassine. Nei campi ci sono cloni di Sam. Mr. X viene ucciso per aver diffuso informazioni, ma riesce  a dirigere Mulder, utilizzando il suo stesso sangue, da Marita Covarrubias, l'assistente del rappresentante speciale della segreteria generale dell'UN. Anche se la fattoria è stata abbandonata lei gli procura delle fotografie dei cloni di Sam.
Novembre 1996-  Mulder infettato dall'olio nero. Un diplomatico trasporta dalla Russia agli USA un meteorite che rilascia olio nero nelle sembianze di vermi. Mulder viene catturato in Russia (anche grazie al doppio gioco di Krycek) e viene soggetto all'olio e poi al vaccino, in seguito riesce a fuggire.
Febbraio 1997- Scully scopre di essere affetta da un grave tumore al cervello. La sua infertilità e il tipo di tumore sono gli stessi di cui soffrono molte donne vittime di rapimenti alieni. Quando Mulder si intrufola in una clinica per  la fertilità si imbatte in un gruppo di cloni che dice che le donne rapite sono le loro madri biologiche e che gli ovuli di queste sono raccolti in quella clinica. Mulder si appropria di una fiala di ovuli di Scully.
Ottobre 1997-  Il cancro di Scully viene curato. Mulder uccide un membro operativo del Consorzio che lo stava spiando e usa le sue credenziali per intrufolarsi in un'area segreta del Pentagono. Qui vede i corpi di alieni e di donne rapite e trova uno schedario contenente il nome di Scully. Dal suo scomparto sottrae una fiala contenente un microchip che il CSM dice curerà il cancro di Scully. Scully acconsente all'impianto del chip e quasi subito il cancro va in remissione.
Ottobre 1997- CSM porta Samantha da Mulder. Il CSM porta a Mulder un'altra Samantha ormai cresciuta, non è chiaro se questa sia quella vera o un altro clone. Lei dice di ricordare poco del rapimento e che ai tempi le era stato detto che la sua famiglia era morta. Considera CSM suo padre.
Dicembre 1997- Scully ha una figlia. Scully è misteriosamente condotta da Emily, una bambina di 4 anni ad uno stadio terminale di una malattia, che è stata abbandonata dalla madre adottiva morta suicida. I risultati del test del DNA dimostrano che Scully è la madre biologica ma Mulder crede che gli ovuli di Scully siano stati impiantati in una madre surrogato per ottenere un ibrido alieno. La bambina muore e il suo corpo scompare misteriosamente dalla bara.
Marzo 1998- Arrivano i ribelli alieni. Dei ribelli alieni incendiano alcuni rapiti per scongiurare la colonizzazione organizzata dal gruppo alieno che collabora con il sindacato. Questi ribelli hanno cucito occhi, naso e bocca per impedire all'olio nero di contagiarli. Un'astronave rapisce Cassandra Spender, Scully si salva
Maggio 1998- Mulder salva Scully dall'astronave. L'FBI chiude gli X-Files e Mulder e Scully vengono riassegnati. Scully viene colpita dal virus alieno, rapita e immersa in un liquido criogenico in Antartide. Mulder va in suo soccorso e la salva con un vaccino.
Maggio 1998- Mulder e Scully scoprono un ragazzino, Gibson Praise, in grado di leggere la mente. Mulder crede che Gibson sia un ibrido umano-alieno. Purtroppo il ragazzino viene catturato dal Consorzio.
Settembre 1998- Spender e Fowley assegnati agli X-Files. A Mulder e Scully viene proibito di lavorare agli X-Files appena riaperti. Al loro posto CSM posiziona il figlio Jeffrey. La sua partner  è Diana Fowley, ex di Mulder e alleata del Fumatore.
Gennaio 1999- Krycek controlla Skinner. Skinner viene infettato da un virus nanotecnologico. Krycek, in grado di controllare la quantità di virus presente in una persona grazie ad una macchina, fa sapere a Skinner che la sua vita è nelle sue mani e che d'ora in poi le sue decisioni sugli X-Files saranno vincolate.
Febbraio 1999- Il Consorzio viene sterminato. Cassandra Spender ritorna avvertendo gli agenti che gli alieni sono pronti a distruggere gli umani con il cancro nero "purity". Lei dice di essere il primo vero ibrido. Il Consorzio si prepara alla colonizzazione riunendosi in un hangar  di una base militare. Tuttavia tutti i membri vengono sterminati dagli alieni ribelli. CSM e Diana Fowley si salvano.
Febbraio 1999-  CSM uccide Jeffrey Spender che aveva collaborato per la riassegnazione di Mulder e Scully agli X-Files.
Autunno 1999- I geni alieni di Mulder riemergono. Una nave aliena viene rinvenuta in Costa d'Avorio, la sua superficie è ricoperta di simboli scientifici e passi di testi sacri, la trascrizione di questi fa soffrire Mulder di iperattività celebrale: egli è ormai diventato l'ibrido perfetto. Con l'aiuto della Fowley i geni alieni di Mulder vengono trasferiti a CSM. Diana aiuta poi Scully a salvare Mulder, ma il suo tradimento è ripagato con la morte.
Febbraio 2000- La verità su Samantha. Mulder apprende dal diario della sorella che questa è stata sottoposta a numerosi test e che ha vissuto con CSM prima di fuggire e sparire nel nulla. Mulder è confortato nel sapere che la sorella è stata accolta dagli spiriti erranti che salvano i bambini dalle situazioni più orribili per trasformarli in luce di stella. Mulder riesce a vedere lo spirito di Samantha.
Maggio 2000- Mulder viene rapito. Ritornando sulla scena del loro primo caso insieme Mulder e Scully scoprono che i rapiti stanno per essere presi di nuovo. I malesseri di Scully convincono Mulder che lei sia in pericolo, ma in realtà è lui ad essere rapito dagli alieni a causa dell'iperattività celebrale di cui aveva sofferto.
Maggio 2000- Scully incinta. Nonostante l'infertilità causata dal rapimento, Scully apprende di essere incinta.

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